Styczeń 2000: ukazuje się książka Jana Tomasza Grossa Sąsiedzi. Historia zagłady żydowskiego miasteczka (wyd. Pogranicze), przedstawiająca masową zbrodnię dokonaną 10 lipca 1941 r. przez Polaków na 1600 żydowskich mieszkańcach Jedwabnego. Gross zaznacza: „Panami sytuacji w Jedwabnem byli oczywiście Niemcy. I tylko oni mogli podjąć decyzję o wymordowaniu Żydów. […] gdyby nie było inwazji Hitlera na Polskę, to Żydzi jedwabieńscy nie zostaliby wymordowani przez swoich sąsiadów. […] Tak więc w wyższym historyczno-metafizycznym sensie [Hitlerowi] należy przypisać odpowiedzialność za tę zbrodnię. Ale bezpośredni w niej udział Niemców 10 lipca 1941 roku ograniczył się przede wszystkim do robienia fotografii i […] filmowania przebiegu wydarzeń” (s. 59-59); „[…] mniej więcej połowa dorosłych mężczyzn z Jedwabnego jest wymieniana po nazwisku wśród uczestników pogromu” (s. 67); „Trwające przez cały dzień mordowanie Żydów odbyło się na obszarze wielkości stadionu sportowego. Od stodoły, w której większość ofiar tego dnia w końcu spalono, do rynku w prostej linii można dorzucić kamieniem. Cmentarz żydowski jest tuż obok. Tak więc wszyscy, którzy byli wówczas w miasteczku i mieli jako tako funkcjonujący zmysł wzroku albo powonienia byli tej zbrodni świadkami albo uczestnikami” (s. 68). 

Książka wywołuje największą po 1989 roku publiczną debatę (w sumie w ciągu dwóch lat powstało ponad 600 artykułów, a w ciągu dekady – kilkanaście książek, często polemicznych). 

5 września 2000: w związku z merytoryczną zawartością Sąsiadów Instytut Pamięci Narodowej wszczyna śledztwo w sprawie mordu w Jedwabnem; śledztwo prowadzi prokurator Radosław J. Ignatiew, naczelnik Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Białymstoku.

3 kwietnia 2001: do prokuratury wpływa zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa przez Jana Tomasza Grossa, autora książki Sąsiedzi. Zawiadomienie złożyły: nacjonalistyczne Stronnictwo Narodowe, Stowarzyszenie Przeciwko Antypolonizmowi oraz redakcja pisma „Polskie Sprawy” z Poznania. Autorzy zawiadomienia zarzucają Grossowi znieważanie narodu i państwa polskiego [Kornak 2009]. 

23 kwietnia 2001: Prokuratura Rejonowa w Sejnach – jako prokuratura właściwa dla wydawcy książki Sąsiedzi (sejneński Ośrodek „Pogranicze”) – odmówiła wszczęcia dochodzenia w sprawie znieważania narodu i państwa polskiego przez J.T. Grossa jako autora książki Sąsiedzi [Kornak 2009].

30 czerwca 2003: prokurator Ignatiew, po wyczerpaniu środków dochodzenia i sformułowaniu 200-stronicowego raportu, postanawia o umorzeniu śledztwa. Najważniejsze założenia i wnioski zawarte w raporcie: 

– kwalifikacja karna: 

[…] zbrodnie wojenne lub przeciwko ludzkości w świetle prawa międzynarodowego, które popełniono przed datą wejścia w życie Kodeksu karnego z 1997 r., według polskiego prawa winny być kwalifikowane według przepisów określających przestępstwa pospolite, których znamiona sprawcy wyczerpali swoim działaniem.

[Niniejsze] Postępowanie, sygn. S 1/00/Zn, wszczęto na podstawie art. 1 pkt 1 dekretu z dnia 31 sierpnia 1944 r. o wymiarze kary dla faszystowsko-hitlerowskich zbrodniarzy winnych zabójstw i znęcania się nad ludnością cywilną i jeńcami oraz dla zdrajców Narodu Polskiego (zwanego w piśmiennictwie dekretem sierpniowym).

Artykuł 1 pkt 1 stanowi: 

„Kto, idąc na rękę władzy państwa niemieckiego lub z nim sprzymierzonego: 

1. brał udział w dokonywaniu zabójstw osób spośród ludności cywilnej albo osób wojskowych lub jeńców wojennych podlega karze śmierci”.

Wobec usunięcia przez Kodeks karny z 1997 r. z katalogu kar – kary śmierci, sprawca czynu z art. 1 pkt 1 dekretu sierpniowego podlega karze dożywotniego pozbawienia wolności (art. 13 pkt 1 pwkk [Przepisy wprowadzające Kodeks karny]).

Przyjętą kwalifikację prawną uzasadniał rodzaj czynu, będącego przedmiotem śledztwa, w szczególności sposób działania sprawców, którzy w dniu 10 lipca 1941 r. w Jedwabnem dokonali masowego zabójstwa ludności cywilnej narodowości żydowskiej. Pokrzywdzonych przy tym uprzednio zgromadzono na rynku miejskim, dozorowano i doprowadzono na miejsce kaźni. Zdarzały się również pojedyncze fakty stosowania przemocy i zabójstw pokrzywdzonych w okresie poprzedzającym spalenie ludzi w stodole. Działania takie spełniają znamię „wzięcia udziału w zabójstwie”, określone w art. 1 pkt 1 dekretu sierpniowego. Znamię to rozumieć należy bardzo szeroko, w sposób znacznie wykraczający poza pojęcie bezpośredniego sprawstwa (s. 4-5).

– liczba ofiar: nie mniej niż 340;

– przygotowania do zbrodni i jej przebieg: 

Tego dnia, w czwartek nad ranem, do Jedwabnego zaczęli przybywać mieszkańcy okolicznych wsi z zamiarem brania udziału w zaplanowanej wcześniej zbrodni zamordowania żydowskich mieszkańców tej miejscowości. W wieczór poprzedzający zdarzenia niektórzy żydowscy mieszkańcy uprzedzeni zostali przez znajomych Polaków, że przygotowywane są zbiorowe działania przeciwko Żydom. 

Od godzin rannych 10 lipca 1941 r. rozpoczęto wypędzanie z domów ludności żydowskiej i gromadzenie jej na rynku miasteczka. Zgromadzonym kazano wyrywać trawę spomiędzy kamieni brukowych, którymi wyłożony był rynek. Dopuszczano się przy tym aktów gwałtu i przemocy wobec zgromadzonych. Dokonywali tego mieszkańcy Jedwabnego i okolic, narodowości polskiej (s. 198).

– udział Niemców: 

Przyjąć można, że zbrodnia w Jedwabnem została dokonana z niemieckiej inspiracji. Obecność choćby biernie zachowujących się niemieckich żandarmów z posterunku w Jedwabnem, a także innych umundurowanych Niemców (jeśli założyć, że byli oni obecni na miejscu zdarzeń) była równoznaczna z przyzwoleniem i tolerowaniem dokonania zbrodni na żydowskich mieszkańcach tej miejscowości. W tym stanie rzeczy stwierdzić należy, że zasadne jest przypisanie Niemcom, w ocenie prawnokarnej, sprawstwa sensu largo tej zbrodni (s. 200).

– udział ludności polskiej: 

Co do udziału polskich cywili w dokonaniu zbrodni, należy przyjąć, iż była to rola decydująca o zrealizowaniu zbrodniczego planu. […] Wykonawcami zbrodni, jako sprawcy sensu stricto, byli polscy mieszkańcy Jedwabnego i okolic – mężczyźni, w liczbie co najmniej około 40. W oparciu o materiały archiwalne procesów karnych w 1949 i 1953 r. i inne zweryfikowane w toku obecnego śledztwa materiały dowodowe należy przyjąć, iż aktywnie uczestniczyli oni w dokonaniu zbrodni, uzbrojeni w kije, orczyki i inne narzędzia. Przypisane im w wyniku niniejszego śledztwa czyny wypełniają znamiona nie ulegającej przedawnieniu zbrodni opisanej w treści art. 1 pkt 1 dekretu sierpniowego.

Po dokonaniu zbrodni miało miejsce rabowanie mienia pozostałego po ofiarach. Rozmiaru tego procederu, jak i liczby osób w nim zaangażowanych nie udało się jednoznacznie określić (s. 200).

– postronni: 

W oparciu o zgromadzony w toku śledztwa materiał dowodowy nie jest możliwe określenie przyczyn biernego zachowania się większości ludności miasteczka w obliczu zbrodni. W szczególności nie można przesądzić, czy bierność ta była wynikiem akceptacji zbrodni, czy też wynikała z zastraszenia brutalnością działania sprawców. Taka postawa mieszkańców Jedwabnego wobec zbrodni dokonanej w dniu 10 lipca 1941 r. nie poddaje się kwalifikacji prawnokarnej, nie może być zatem przedmiotem ocen w kategorii przypisania odpowiedzialności karnej (s. 201).

– możliwość postawienia sprawców przed sądem: 

Spośród osób, których nazwiska, jako sprawców wymienione zostały w aktach spraw, część została prawomocnie osądzona. Inne już nie żyją. 

W toku prowadzonego obecnie śledztwa nie zgromadzono wystarczających dowodów, które pozwoliłyby na zidentyfikowanie i postawienie zarzutów ewentualnym innym żyjącym sprawcom, którzy zaangażowani byli we wzięcie udziału w dokonaniu zabójstwa obywateli polskich narodowości żydowskiej w dniu 10 lipca 1941 r. w Jedwabnem.

Dlatego postępowanie na zasadzie art. 322 § 1 kpk należało umorzyć wobec niewykrycia tych sprawców (s. 201) [Postanowienie o umorzeniu… 2003].